Bơ thực vật được làm từ dầu thực vật nên không chưa cholesterol. Hơn nữa nó còn chứa lượng chất béo lành mạnh hơn bơ thường. Những chất béo này giúp giảm mật độ cholesterol xấu. Trong khi đó, bơ làm từ chất béo động vật nên chứa cholesterol và nhiều chất béo bão hòa. Tuy ý tưởng sử dụng bơ thực vật để thay thế cho bơ động vật theo mong muốn của Napoleon III từ xa xưa cho tới nay vẫn còn được sử dụng và có giá trị nhưng cũng cần sử dụng các loại bơ thực vật chứa các chất có hại cho sức khỏe ở hàm lượng cho phép và tránh không lạm dụng dẫn tới việc gây hậu quả xấu cho cơ thể.

Có khuyến cáo cho rằng bơ thực vật không nên ăn nhiều và chỉ là nguyên liệu tiện lợi cho việc sản xuất thực phẩm như mỳ ăn liền, các loại bánh ngọt. Ở nhiều mức, người ta quy định chỉ bán các loại bơ thực vật (margarine) trên nhãn mác có ghi "0" axit béo chuyển vị cho người tiêu dùng trực tiếp. Nguyên nhân là hầu hết các bơ thực vật được chế biến bằng cách sử dụng phương pháp hyđrô hóa, thường gây ra các sự chuyển hóa chất béo không lành mạnh. Nhìn chung, các bơ thực vật càng rắn thì lượng chất béo chuyển hóa càng cao - vì vậy bơ thực vật dạng thanh thường chứa nhiều chất béo chuyển hóa hơn bơ thực vật dạng ống. Giống như chất béo bão hòa, chất béo chuyển hóa làm tăng cholesterol trong máu và nguy cơ bị bệnh tim.